В 1962 г. правительство специальным постановлением предписало ряду вузов -- МЭИ, МИФИ, МВТУ и некоторым другим, в том числе и МИИТу -- организовать подготовку специалистов по электронной вычислительной технике, а немногим из них, включая МИИТ, -- и по программному обеспечению. Тогда же была создана соответствующая кафедра. Алексей Вольдемарович Шилейко (с которым Б. М. Каган лично тогда не был знаком) рекомендовал его ректору в качестве заведующего кафедрой.
Б. М. Каган в это время уже был доктором и профессором по специальности «Вычислительная техника», автором нескольких монографий. Ректор МИИТа проф. Ф. П. Кочнев пригласил его возглавить кафедру «Электронные вычислительные машины и системы», выпускавшую инженеров-системотехников по специальности «ЭВМ и системы» и инженеров-математиков по специальности, получившей название «Прикладная математика». С 1966 г. Б. М. Каган семь лет руководил кафедрой по совместительству, а затем перешел в штат МИИТа.
Под руководством Кагана кафедра стала одной из ведущих в стране.
Он также является автором множества научных трудов и книг, среди которых пользовавшиеся широкой известностью монографии и учебные пособия по важным проблемам автоматики и вычислительной техники. Книги переведены на китайский, немецкий, английский и другие языки.
В трудах Бориса Кагана исследованы вопросы архитектуры ЭВМ и вычислительных систем, в том числе управляющих вычислительных комплексов реального времени, отказоустойчивых систем; систематизированы методы построения микропроцессорных устройств и систем автоматики, запоминающих устройств большой емкости, организации систем связи ЭВМ с объектом управления. Также разработаны научные основы эксплуатации компьютерной техники.
Борис Каган подготовил более 40 кандидатов и докторов наук. Многие его бывшие ученики стали профессорами, академиками, руководителями научных коллективов, крупными бизнесменами. Именно Каган своим личным примером учил сотрудников и студентов осваивать иностранные языки, читать периодическую отечественную и иностранную литературу, активно воспринимая и внедряя в свою работу самые интересные мировые научно-технические достижения в области вычислительной техники. Студенты Бориса Кагана успешно работают в престижных российских и зарубежных компаниях.