В 1898 году в составе комплекса зданий, построенных для Московского инженерного училища ведомства путей сообщения был открыт и химических корпус (ныне ГУК-5). Каблуков принимал личное участие в проектировании и оснащении новых лабораторий.
За образец им была взята химическая лаборатория Вильгельма Оствальда в Лейпцигском университете, где он работал в 1880-х годах при подготовке своей докторской диссертации.
В наших стенах Иван Алексеевич проработал до середины 1900-х годов. В 1910 был признан заслуженным профессором Московского университета и основную свою работу проводил уже там. Кроме того, на рубеже XIX—XX вв.еков он принимал активное участие в создании лабораторий и научных школ других учебных заведений.
В память о работе Каблукова в МИИТ (ИМИУ) остались коллекция химической посуды, чистых веществ и минералов, собранная им на ведущих европейских химических заводах и в университетах, диссертационные работы его учеников, выполненные в лабораториях созданной им кафедры «Химия». Да и сами лаборатории кафедры хранят память о своем создателе.
В МИИТ удивительным образом сохранилась «Колба конструкции И. А. Каблукова с бульоном». Профессор Каблуков изобрел особый открытый лабораторный сосуд со змеевиком, жидкость в котором может храниться, не портясь и почти не испаряясь. Ровно 124 года назад (8 ноября 1897 года) профессор Каблуков залил куриный бульон в колбу, которая в настоящее время является памятником науки.
Сейчас в мемориальной «Химической лаборатории имени И.А. Каблукова» (аудитория 5203), частично сохраненной, частично воссозданной по старым проектам и модернизированной с учетом последних требований времени, нынешние поколения студентов МИИТа слушают и «смотрят» лекции по химическим дисциплинам.
К этой мемориальной лекционной лаборатории примыкает исторический рабочий кабинет Ивана Алексеевича (аудитория 5202). Здесь стоит его большой резной письменный стол, книжный, вытяжной и лабораторные шкафы, длинный препараторский стол, на котором уже второе столетие готовятся реактивы для лекционных демонстраций. Также в кабинете установлен большой дубовый шкаф-витрина со старой коллекцией химических веществ и уже более новой коллекцией металлов, кристаллов и посуды, используемой преподавателями для проведения лекционных опытов. На стенах висят таблицы атомных спектров, привезенные Каблуковым из Германии.
Эти помещения составляют историческое достояние Университета и используются кафедрой совместно с Учебно-методическим музейным центром МИИТ, который проводит здесь часть экскурсий, посвященных истории Университета для его гостей и студентов.